El Colegio San Juan Diego nació en 1989 y fue la primera institución educativa de Fundación Mano Amiga en Chile, establecimiento particular subvencionado y gratuito. Éste abrió sus puertas en un modesto recinto de la comuna de Recoleta, una construcción de madera que albergaba los primeros cursos: un Prekinder, con 13 alumnos y un Kinder, con 19 niños, ambos mixtos, contando con 20 familias que tuvieron fe en este proyecto.
En noviembre de 1994, el colegio se trasladó a la primera etapa de las instalaciones definitivas en Américo Vespucio 670, también ubicado en la comuna de Recoleta. Al pasar los años se han ido construyendo nuevas aulas, un laboratorio, una biblioteca y una hermosa capilla, que se levantó gracias al aporte de cinco familias de las víctimas del accidente aéreo en Arequipa de 1996.
El año 2001, egresó la primera promoción de nuestros alumnos con excelentes resultados, obteniendo algunos de ellos importantes becas de estudios que les permitió finalizar carreras profesionales.
Actualmente el colegio cuenta con tres cursos de Prekínder y Kínder, más dos cursos por nivel de 1° Básico a IV Medio, formando integralmente a más de 1.000 alumnos que provienen de distintas comunas de Santiago.
